आधुनिक काल में ईश्वर की अवधारणा के विचार को रॉल्स, हिलेरी और अन्य जैसे दार्शनिकों के काम के माध्यम से समझाया जा सकता है। इन दार्शनिकों के अनुसार, ईश्वर की अवधारणा का कोई विशिष्ट, एकीकृत, अप्रमाणित अर्थ नहीं है। बल्कि यह व्याख्या का विषय है। ईश्वर की अवधारणा को परिभाषित करना आसान नहीं है क्योंकि यह अस्पष्ट और अपरिभाषित है।
आधुनिक काल में, ईश्वर की अवधारणा तर्कसंगत जांच के अधीन रही है और इसलिए इसे अर्थहीन बना दिया गया है। तदनुसार, ईश्वर की अवधारणा को ईश्वर को जानने के साधन के रूप में अनुभवजन्य ज्ञान को खारिज कर दिया गया है, जैसा कि दार्शनिकों द्वारा समझाया गया है। लेकिन ईश्वर की अवधारणा न तो अस्पष्ट है और न ही मनमानी। इसके बजाय यह प्राकृतिक और आवश्यक घटनाओं के अवलोकन द्वारा आवश्यक कारण और प्रभाव के सिद्धांत पर आधारित बुद्धिमान अटकलों का विषय है। इस प्रकार आधुनिक काल में ईश्वर की अवधारणा दी गई परिस्थितियों से परिभाषित होती है।
हालाँकि, ईश्वर की अवधारणा को परिभाषित करने का प्रयास विज्ञान के तीन बुनियादी पूर्वधारणाओं द्वारा निर्देशित है। पहला, विज्ञान ईश्वर को सभी प्राकृतिक और भौतिक नियमों के स्रोत के रूप में पहचानता है। दूसरा, विज्ञान मानता है कि ईश्वर का अस्तित्व है क्योंकि यह सभी प्रकृति के लिए एकमात्र कुशल कारण है, जिसमें हर मौजूदा चीज का जीवन और कार्य शामिल है। तीसरा, विज्ञान मानता है कि ईश्वर का अस्तित्व ठीक उसी वास्तविकता के रूप में है जिसकी कल्पना बाहरी दुनिया में इसके प्रभावी कारण से की गई है।
विज्ञान ईश्वर के अस्तित्व की समस्या का समाधान नहीं कर सकता। विज्ञान केवल प्राकृतिक नियमों के व्यवहार के पैटर्न प्रदान कर सकता है जो एक कुशल कारण के कामकाज के अनुरूप हैं। यदि पैटर्न कुशल कारण से असंगत पाया जाता है, तो या तो पैटर्न या कानूनों को संशोधित किया जाना चाहिए या नए भौतिक कानूनों को प्रतिस्थापित किया जाना चाहिए। विज्ञान ईश्वर की उपस्थिति के संबंध में पूर्ण निश्चितता प्रदान नहीं कर सकता है।
कई कठिनाइयाँ इस तथ्य से उत्पन्न होती हैं कि विज्ञान ईश्वर के अस्तित्व को न तो सिद्ध कर सकता है और न ही अस्वीकृत। विज्ञान ईश्वर के अस्तित्व को न तो सिद्ध कर सकता है और न ही नकार सकता है। विज्ञान ने पारंपरिक धर्म की मूल अवधारणाओं को न तो स्थापित किया है और न ही उन्हें गलत बताया है। कोई भी बाइबिल धर्मग्रंथ ईश्वरीय वास्तविकता के विचार का समर्थन नहीं करता है। भले ही कुछ पारंपरिक धर्मग्रंथों ने इस तरह की अवधारणाओं की वकालत की होती, लेकिन यह अधिकांश धर्मों के सामान्य सिद्धांतों के खिलाफ होता।
ईश्वर की वास्तविकता को स्थापित करने के लिए विज्ञान के पास कोई स्वतंत्र साधन नहीं है। विज्ञान किसी प्रस्ताव की सत्यता को तब तक स्थापित नहीं कर सकता जब तक कि उसे पर्याप्त प्रायोगिक पुष्टि प्राप्त न हो। ईश्वर विज्ञान के लिए उसी तरह प्रासंगिक नहीं है जिस तरह ईश्वर धर्म के लिए अप्रासंगिक है। दूसरे शब्दों में कहें तो धर्म का मानव अनुभव के बाहर कोई वस्तुनिष्ठ अर्थ या वस्तुनिष्ठ परिभाषा नहीं है। ईश्वर का अनुभव, जो ईश्वर की व्यक्तिपरक वास्तविकता है, मानव अनुभव के बाहर कोई समकक्ष नहीं है।
भगवान ब्रह्मांड में कोई भूमिका नहीं निभाते हैं और मनुष्य भगवान को नहीं जान सकते हैं। यदि कोई व्यक्तिगत ईश्वर है, तो हम ईश्वर की वास्तविकता का अनुभव नहीं कर सकते। ईश्वर हमारी वास्तविकता से बाहर है और हम ईश्वर को तब तक नहीं जान सकते जब तक हम ईश्वर के सीधे संपर्क में नहीं आते। इसका मतलब है कि हमें अनुभव के माध्यम से भगवान को “जानना” चाहिए। तो अगर ईश्वर मानव अनुभव के लिए अप्रासंगिक है, तो एक व्यक्तिगत ईश्वर कैसे हो सकता है, जिसके लिए कोई अनुभव नहीं है?
ईश्वर संसार या उसके अंगों के साथ किसी विशेष तरीके से बातचीत नहीं करता है। भगवान ब्रह्मांड को जीवन की आपूर्ति नहीं करते हैं या इसकी कमियों के लिए प्रावधान नहीं करते हैं। मनुष्य ईश्वर को नहीं जान सकता, क्योंकि ईश्वर उनके जीवन, उनके कार्यों, उनकी अवधारणाओं, उनके विचारों या उनकी भावनाओं के साथ बातचीत नहीं करता है। इसलिए विज्ञान से ईश्वर को नहीं जाना जा सका। ईश्वर की कोई विशेषता नहीं है कि विज्ञान उसके अस्तित्व या व्यक्तिगत अस्तित्व को समझने के लिए प्रासंगिक के रूप में लेबल कर सकता है। इस प्रकार ईश्वर आधुनिक वैज्ञानिक प्रयासों के लिए अप्रासंगिक है।
ईश्वर संसार या उसके अंगों के साथ किसी विशेष तरीके से बातचीत नहीं करता है। मनुष्य का ईश्वर के साथ जो अनुभव होता है वह हमेशा व्यक्तिपरक होता है। वास्तव में, सच्चाई यह है कि इसे जाना नहीं जा सकता क्योंकि ईश्वर दुनिया या उसके भागों के साथ किसी विशेष तरीके से बातचीत नहीं करता है। ईश्वर ईश्वर के बारे में, दुनिया के साथ उसके संबंध, उसकी मंशा, उसकी शक्ति, उसकी बुद्धि या उसके ज्ञान के बारे में कोई जानकारी प्रदान नहीं करता है। ईश्वर को विज्ञान द्वारा नहीं जाना जा सकता क्योंकि ईश्वर में ऐसी कोई विशेषता, अवधारणा या वास्तविकता नहीं है।
उपरोक्त विश्लेषण से यह देखा जा सकता है कि ईश्वर के कोई आवश्यक गुण नहीं हैं। इसलिए भगवान का व्यक्तिगत अनुभव, उनकी शक्ति और उनका ज्ञान विज्ञान के लिए अप्रासंगिक है। इसलिए भगवान की वास्तविकता पूरी तरह से व्यक्तिगत और निजी है। दूसरे शब्दों में, व्यक्तिगत ईश्वर अवधारणा को विज्ञान द्वारा प्रदर्शित, मापा, माना या अन्यथा समझा नहीं जा सकता है। इस वास्तविकता को अल्बर्ट आइंस्टीन ने ईश्वर-अवधारणा कहा है।
दूसरी ओर, उपरोक्त विश्लेषण से यह देखा जा सकता है कि ईश्वर का अनुभव, शक्ति और ज्ञान एक प्रस्ताव को स्थापित करने के लिए पर्याप्त है। एक प्रस्ताव प्रकृति में वैज्ञानिक या नास्तिक हो सकता है। यह प्रकृति में व्यक्तिगत भी हो सकता है। एक प्रस्ताव कुछ और नहीं बल्कि कुछ सबूतों द्वारा समर्थित एक विश्वास या दावा है, जो आमतौर पर अनुभव से प्राप्त होता है।