एक वनस्पतिशास्त्री के लिए किसी पौधे को उसकी शारीरिक रचना के आकार और प्रकार के अनुसार वर्गीकृत करने के लिए, उसे पौधे के रूप में चार अलग-अलग वर्गीकरण लागू करने होते हैं: मॉर्फोजेनेसिस, मिश्रित मॉर्फोजेनेसिस, एफ़िरिक फॉर्म और एंडोसिम्बायोटिक फॉर्म। मोर्फोजेनेसिस एक विशिष्ट रूप है जो एक जीवित पौधे में प्रकट हो सकता है; यह ऐसा रूप नहीं है जो किसी प्रयोगशाला में विकसित हुआ हो या जो निर्जीव चीजों में देखा गया हो। पौधों में, मोर्फोजेनेसिस एक प्रोफ़ेज़ I से एक प्रोफ़ेज़ II प्रोफ़ेज़ में एक सेल के प्रसार को संदर्भित करता है। उदाहरण के लिए, एक अल्बिनो गाजर से बीज का उत्पादन मोर्फोजेनेसिस का एक रूप है। मिश्रित रूपजनन में, एक ही पौधे में केवल एक प्रकार का नहीं बल्कि दोनों प्रकार की कोशिकाओं का विकास होता है; उदाहरण के लिए, कॉर्कवुड शैवाल पूरे वर्मवुड पौधे के बजाय एक प्रकंद में कॉर्क और अन्य कॉर्क जैसी कोशिकाओं का उत्पादन करते हैं।
हाइपोसेलुलर रूप में, पूरे पौधे में कोशिकाएं बनती हैं; इन कोशिकाओं को नवोदित (विभाजन) या विभाजन द्वारा एकल कोशिकाओं में विभेदित किया जाता है। हाइपोसेलुलर रूप में कोशिकाओं का विभाजन कुछ उत्तेजनाओं के कारण होता है। कभी-कभी, एक कोशिका बिना किसी उत्तेजना के कुछ ही दिनों में विभाजित हो जाती है। अन्य उदाहरणों में, संस्कृति की स्थिति, तापमान और चीनी, ऑक्सीजन और कार्बन डाइऑक्साइड जैसे पोषक तत्वों की उपलब्धता के आधार पर, कोशिकाएं हफ्तों से महीनों तक विभाजित हो सकती हैं।
एस्फेरिक रूप एक ऐसे रूप को संदर्भित करता है जिसमें नवोदित होने की प्रक्रिया नहीं होती है और कोई कोशिका विभाजित नहीं होती है। एफ़िरिक पौधे के सामान्य उदाहरण एफ़िरिक कॉर्कवुड शैवाल हैं। एक कॉर्कवुड शैवाल में कोई क्लोरोप्लास्ट नहीं होता है (कोशिकाएं जो पौधों की कोशिकाओं के कोशिका द्रव्य को बनाती हैं)। एक कॉर्कवुड शैवाल कोशिका को विभाजित करने के लिए बाहरी उत्तेजनाओं की सहायता की आवश्यकता होती है, जैसे कि चीनी को जोड़ना।
आकृति विज्ञान एक पौधे में स्टेम संरचनाओं की व्यवस्था से प्रभावित होता है। तनों की व्यवस्था प्रकाश संश्लेषण की दर (पौधे सूर्य के प्रकाश को ऊर्जा में कैसे परिवर्तित करते हैं) और पूरे पौधे में पानी और पोषक तत्वों के वितरण को प्रभावित करते हैं। उदाहरण के लिए, एक टमाटर के पौधे में तने की संरचना की तुलना में कॉर्कवुड शैवाल के तने में प्रति आधार सर्पिलों की संख्या छह गुना होती है। इस प्रकार, सर्पिलों की कुल संख्या और तने पर उनका स्थान निर्धारित करता है कि एक पौधा कितनी जल्दी ऊर्जा को अवशोषित कर सकता है और इसका उपयोग बढ़ने के लिए कर सकता है। इसी तरह, गोभी के पौधे में, पत्तियों की स्थिति और संख्या प्रभावित करती है कि पौधा कितनी अच्छी तरह बढ़ता है। पत्ता गोभी का पत्ता पतला होता है और इसमें बहुत सारे हुक होते हैं जो इसे आपसी समर्थन के लिए अन्य पौधों से जोड़ने की अनुमति देते हैं।
पौधे में तनों की व्यवस्था से आकार भी प्रभावित होता है। एक पौधा जिसका तना घास के एक ब्लेड के नीचे रखा जाता है, ठीक से विकसित नहीं हो पाता है क्योंकि पौधे के खिलाफ घास के डंठल का क्षैतिज अभिविन्यास पौधे को धीमी गति से विकसित करने के लिए मजबूर करता है, जैसे कि तना सीधा था। इसी तरह, जिस पौधे का तना ऊँचे खंभे पर रखा जाता है, उसके पौधे की तुलना में अधिक तेजी से बढ़ने की संभावना होती है, जिसका तना निचली स्थिति में होता है। आकृति विज्ञान न केवल पौधे की वृद्धि की आदतों से बल्कि मिट्टी के आकार और आसपास के क्षेत्र से भी प्रभावित होता है। उदाहरण के लिए, यदि किसी पौधे को कम उर्वरता की आवश्यकता होती है, तो उसका आकार उसकी वृद्धि दर को प्रभावित कर सकता है।
प्रकृति में, सभी पौधे सबसे अच्छे रूप से विकसित होते हैं जहां उनका आकार प्रकाश ढाल के अनुरूप होता है और जहां वे आसानी से प्रकाश को अवशोषित कर सकते हैं। उदाहरण के लिए, यदि किसी पौधे में लाल पत्तियाँ हैं, तो उसकी क्लोरोफिल सामग्री पौधे के शीर्ष की ओर केंद्रित होगी; जबकि, यदि पत्ते हरे हैं, तो इसका क्लोरोफिल पौधे के एक बड़े क्षेत्र में फैल जाएगा। इसी तरह, सभी तने प्रकाश प्रवणता के लंबवत होने चाहिए। यही कारण है कि अधिकांश फूलों वाले पौधों में लंबे और सीधे तने होते हैं।
प्रकृति में, पौधे विभिन्न आवासों में सर्वोत्तम रूप से विकसित होते हैं। प्रकृति में, पौधे सबसे अच्छे रूप में विकसित होते हैं, जहां वे प्रकाश संश्लेषण के लिए आवश्यक प्रकाश की, यदि सभी नहीं, तो सबसे अधिक प्राप्त कर सकते हैं। प्रकाश संश्लेषण एक ऐसी प्रक्रिया है जिसके द्वारा पदार्थ ऊर्जा में परिवर्तित होता है। एक पौधे को प्राप्त होने वाली धूप की मात्रा यह निर्धारित करती है कि वह बाद में उपयोग के लिए प्रकाश संश्लेषण और ऊर्जा का भंडारण कर सकता है या नहीं। प्रकाश संश्लेषण के लिए विभिन्न पौधों की अलग-अलग आवश्यकताएं होती हैं। कुछ को प्रकाशीय पदार्थ बनाने के लिए उच्च प्रकाश की आवश्यकता होती है जिसका उपयोग भोजन के लिए किया जाता है जबकि अन्य जंगली में प्रकाश संश्लेषक होते हैं लेकिन प्रयोगशाला में स्वयं के लिए भोजन को संश्लेषित करने के लिए कम रोशनी का उपयोग करते हैं।
वानस्पतिक एकल कोशिकाएँ हैं। एकल-कोशिका वाले जीवों को यूकेरियोट्स (जिसका अर्थ है ‘एकल-कोशिका’) कहा जाता है, जबकि बहुकोशिकीय एककोशिकीय होते हैं (जिसका अर्थ है ‘श्लेष्म’ या ‘पौधे जैसा’)। यूकेरियोटिक (और एककोशिकीय) पौधों में एक प्रोकैरियोटिक कोशिका भित्ति होती है, जबकि एककोशिकीय में एक मेटालोप्रोटीन दीवार होती है। मेटलॉप्सी की मेटालोप्रोटीन दीवार को प्रोटीन दीवार कहा जाता है, जबकि बैक्टीरिया या अन्य एककोशिकीय को पेप्टोकार्पल कहा जाता है। एक अधात्विक पेप्टोकार्पल एक लिपिड झिल्ली है। लिपिड में एक रासायनिक और शारीरिक गतिविधि होती है जिसमें लिपिड और अमीनो एसिड के बीच बंधन शामिल होते हैं और इसलिए एंजाइम (जो प्रोटीन होते हैं) के साथ प्रतिक्रिया में शामिल होते हैं।